6月25日(星期三)上午10点,来自加拿大西安大略大学张凯中教授在升华后楼215来我院带来了一场名为“Optimizing Spaced k-mer Neighbors for Protein Sequence Similarity Search”的学术报告会。参加报告会的学生主要由信息院的博士研究生,硕士研究生组成。
张凯中教授首先介绍生物信息学与生物计算的基本知识,在最近几年,DNA和蛋白质序列相似性搜索过程中,播种(或过滤)已被广泛用于利用搜索速度来换取搜索灵敏度的方法。
接着张凯中教授介绍了一种新的播种方法,叫做间隔$k$-mer邻居算法,这种算法在蛋白质相似性搜索过程中为搜索的速度和灵敏度之间提供一个更有效的折衷。这个算法预先选择一组间隔$K$为邻居,并使用邻居探测查询序列和数据库序列之间的关系。张凯中教授介绍说间隔$k$-mer邻居算法在邻居选择中是一种高效的启发式算法,并且证明出该方法可以极大的提高现有算法的权衡效率比。
最后张凯中教授对本次报告会内容进行总结,并全面回答了在座的师生们提出的问题,本次报告会在掌声中圆满结束。